Ligesom Tintin er bragt til live i animeret udgave har Blake og Mortimer også fået animeret en del af seriens album, endda også et par nye episoder skabt kun til den animerede serie.
Serien består af 13 afsnit, animeret af Ellipse-Nelvana, det samme studie der har animeret Tintin. Desværre er kvaliteten af serien ikke på samme niveau som Tintins animerede eventyr. Serien er udkommet på DVD i Frankrig og England.
Verden er under angreb, og Mortimer forsøger at modvirke truslen ved et nyt hemmeligt våben, Sværdfisken. Til forskel fra albummet er den tibetanske Kejser Basam Damdu slet ikke er med i denne animerede udgave.
Mortimer er på ferie i Ægypten og bliver draget ind i en mystisk sag om stjålne gravskatte. Til forskel fra albummet er Blake dog med i pyramiden til sidst, ikke kun Mortimer.
Mortimer opdager et mystisk metal, orichalch, det sagn-omspunde metal fra Atlantis. Olrik forsøger at stjæle det, men en mystisk mand i en flyvende tallerken kommer ham i forkøbet. Blake og Mortimer følger sporet helt til selveste Atlantis. Afsnittet er løst baseret på Gåden om Atlantis og har taget sig en lang række friheder, historie-mæssigt.
En mystisk kappeklædt person truer freden i London. Personen har mystiske kræfter, kan se i mørket, kan ikke blive ramt af kugler og hvorend personen går bliver der efterladt et gult M.
Stærke storme raser over de større byer i Europa, og Mortimer besøger sin ven, professor Labrousse i Frankrig for at løse mysteriet.
Mortimer har arvet et gammelt landsted og Blake og Mortimer tager afsted for at inspicere det. Det viser sig dog at krypten under bygningen rummer en fælde, en tidsmaskine som Mortimer bliver fanget i. Afsnittet er rimeligt løst baseret på albummet, og der er store ændringer i historien. F.eks. tager Mortimer en kvinde med fra fortiden til fremtiden og Blake får også en tur i tidsmaskinen -- Blake var ellers næsten ikke med i albumudgaven.
En rigmand, og ejer af Marie Antoinettes halssmykke vil donere smykket til Frankrig. Under fremvisningen går lyset dog ud, og spøgelset af Marie Antoinette viser sig. Blake og Mortimer må nu forsøge at løse mysteriet. Sammenlignet med albumudgaven er der taget mange friheder. Bl.a. er der opfundet en hel lille spøgelseshistorie som ikke er med i albummet.
Mortimer bliver kaldt til Tokyo af sin ven, Professor Sato. Kort efter ankomst bliver Tokyo angrebet af en Ryu, en japansk sagnomspunden drage. Nu går jagten efter Sato, og hans 3 formler for at bygge robotter.
Blake er tilsyneladende involveret i lyssky affærer med selveste Olrik. Det bliver nu Mortimers opgave at afsløre sandheden.
Mortimer er taget til Island for at deltage i en videnskabelig konference om en ny form for geotermisk energi. Energikilden vækker dog snart visse personers lyssky intentioner, samt andre uventede ting fra undergrunden. Afsnittet er en original historie, og er ikke baseret på noget eksisterende album.
Blake og Mortimer bliver involveret i et mysterium, der tager dem til Påskeøen, hvor de opdager at de mærkelige statuer har en mærkelig oprindelse... måske er de ikke fra jorden. Afsnittet er en original historie, og er ikke baseret på noget eksisterende album.
Mortimer møder en kvinde, Katarina, der har fået et mystisk testamente. Testamentet skulle efter sigende indeholde en teknik til at lave almindeligt metal til guld. Samtidig bliver store lagre af metal stjålet af Olrik og Sharky. Sagen viser sig at involvere de vises sten, løfter om evigt liv samt kampen mellem det gode og det onde.
Professor Grossgrabenstein som vi sidst mødte i Pyramidens Hemmelighed, har fundet en del af en mærkelig medaljon. Medaljonen bliver dog stjålet, og jagten tager professoren samt Blake og Mortimer til Stonehenge. Her viser det sig at Stonehenge er en portal til en parallelverden indbygget af naturfolk - druider. Det er samtidig en verden hvor Olrik på mystisk vis har gjort sig selv til kejser.